Door onverwachte tegenslagen en ontdekkingen op het Stationplein, waren extra onderzoeken nodig en noodzakelijke wijzigingen in de planning. De gemeente Harderwijk en ProRail zitten nu in een fase dat de verschillende werkzaamheden niet gelijktijdig kunnen plaatsvinden. Er is een bouwvolgorde voor het bouwen van een waterdichte tunnel, zodat niet altijd met extra ploegen gewerkt kan worden. De opgelopen vertraging zal dus in extra uren moeten worden ingehaald, waardoor uitgeweken wordt naar de nachten. De gemeente laat in een brief aan de omwonenden weten; “Uiteraard wij de werkzaamheden die het minst geluidsoverlast veroorzaken, uitvoeren in de nachten.”
In de nachten 30 juni 1 en 6 juli worden er werkzaamheden uitgevoerd rondom het station, en in de technische kast die aan de noordzijde (Stationsplein) langs het spoor staat. Tevens gaan de aannemers aan die zijde de bodem injecteren met waterglasinjectie, bronbemaling aanbrengen en damwanden trillen. Zo wordt een waterdichte bouwkuip gebouwd. Het intrillen van de damwanden kan enige trillings- en geluidsoverlast veroorzaken. Er zijn meer nachten gereserveerd om mogelijk te gaan werken. Het is nog niet bekend in welke nachten er precies gewerkt gaat worden. Dit is afhankelijk van onvoorziene werkzaamheden en de daarmee samenhangende definitieve planning. Tijdens de treinvrije periode wordt er met zekerheid, 24uur gewerkt
De toegangswegen naar het station moeten straks goed aansluiten op de verkeerstunnel, die momenteel gerealiseerd wordt. Er is daarom een toekomstbestendig ontwerp gemaakt voor de Oranjelaan. De huidige bomen en laanstructuur blijft hierbij gehandhaafd. De reconstructie van de Oranjelaan start eind juni en is naar verwachting half oktober afgerond. Uitvoering zal in fases worden uitgevoerd.
In 1875 werd Harderwijk een belangrijk steunpunt op de lijn Kampen-Utrecht. Twaalf jaar lang stond bij het Station een reserve-loc klaar, die regelmatig werd ingezet wanneer een stoomtrein bleef steken op de route. Het locomotievendepot was compleet met een opzichters- en machinistenwoning, een draaischijf , kolenpark, takkenbossenloods en watertoren. Uiteindelijk is het depot in 1887 opgeheven en werd het werk overgenomen door het depot in Zwolle. 
Eén van de bijzondere machines bij Station Harderwijk zit sinds dinsdagochtend, vast in de grond. De Mastenbroek 60/80 is bezig met het graven van sleuven in de grond van maximaal 8 meter diep voor de eerste 'muren' aan de noordzijde van Station Harderwijk. Deze trencher graaft een sleuf en het opgegraven zand wordt vermengt met een speciaal specie. Hiermee ontstaat een waterdichte muur in de grond. Waarna damwanden worden geplaatst en de bodem geïnjecteerd met 'waterglas' (een soort gel) om te zorgen dat het grondwater in de grond blijft. Dit is nodig voor het maken van de bouwkuip.
Bij de voorbereidende werkzaamheden voor het aanbrengen van de wanden voor de bouwkuip aan de noordzijde (Stationsplein), is gebleken dat er dampen vrij kunnen komen die zich in de grond bevinden. Om blootstelling te voorkomen heeft de aannemer preventief doeken aangebracht rond het werkterrein en wordt de locatie vochtig gehouden met een vernevelinginstallatie. Er is een hogere veiligheidskundige (HVK) aanwezig op het werk om risico’s voor medewerkers en omgeving te monitoren en te bepalen of extra maatregelen nodig zijn. 
Met het verplaatsen van de P+R paal is deze week het nieuwe Park en Ride bij station Harderwijk 'officieel' geopend. Dit is het eerste onderdeel van de Stationsplannen dat (bijna) klaar is en niet meer van plek zal wijzigen. Er komt nog een nieuwe groenstrook aan de zijde Baanweg en zo'n extra 20 parkeerplekken volgen na de bouw van nieuwe fietsenstalling. Totaal 220 gratis parkeerplaatsen voor reizigers die met de auto naar Station Harderwijk komen.
Aan de noordzijde van spoor beginnen de werkzaamheden ook intensiever te worden. Verschillende onderzoeken (grond en explosieven) zijn deze week zo goed als afgerond. In de nacht van 7 op 8 juni wordt de relaiskast verplaatst. Dit duurt ongeveer 2 uur naar verwachten zullen de omwonenden hier weinig va merken. Vanaf 8 juni wordt gestart met het aanbrengen van de wanden van de bouwkuip. Deze werkzaamheden brengen geluids- en trillingshinder met zich mee en duren ongeveer 2 weken.ProRail onderhoudt het spoor, maar dat mag niet teveel vertraging veroorzaken. Zij bouwen stations terwijl het treinverkeer gewoon doorgaat. ProRail wil zoveel mogelijk treinen laten rijden, mét oog voor omwonenden van het spoor. En dat alles tegen de voor de belastingbetaler gunstigste prijs en hoogste kwaliteit. En het werk moet absoluut veilig gebeuren.